本文将介绍如何使用 Gaussian 以及 Multiwfn 计算茜素(Alizarin)的 UV-Vis 数据,并使用 KimariDraw 绘制美观的 UV-Vis 光谱。
使用 KimariDraw 处理 Multiwfn 生成的光谱数据
本文将介绍如何使用笔者自己开发的 KimariDraw 结合 Multiwfn 绘制 NMR、IR 等化学光谱图。
Gaussian + Multiwfn 绘制 NMR 谱
本文将介绍如何使用 Gaussian + Multiwfn 绘制水杨酸(Salicylic acid)的 1H-NMR 谱。
Gaussian + orca + xtb + molclus 对阿司匹林做构象搜索
本文将使用计算化学程序 Gaussian、orca、xtb 以及 molclus 对阿司匹林做构象搜索。
谈谈为什么我不推荐使用 Chem3D 建模以及其优化功能
Chem3D 是 ChemOffice 软件包中的子软件之一,其可以非常方便的与另外一个子软件 ChemDraw 联动使用。以致于很多人使用 ChemDraw 把画好的结构式转化为 mol 文件后,再使用 Chem3D 优化,并将得到的结果当做真理,这是十分可笑的一件事。
使用 KimariPlot 绘制 Free Energy Profile
KimariPlot 是一个用来绘制化学能量图的小程序,目前来说功能不多,但是绘图十分简单,懒人专用。目前开源于 Github (https://github.com/kimariyb/kimariPlot)
Multiwfn + VMD 绘制 IRI 以及 IRI-pi 等值面图
IRI 是 Sob 命名的一种研究相互作用的实空间函数,本文主要介绍其等值面图的绘制的方法。本文参考了 Sob 老师《使用 IRI 方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用》(http://sobereva.com/598)一文。
Multiwfn + VMD 绘制 LOL-pi 等值面
LOL-pi 是被笔者经常用来研究电子离域路径的实空间函数,本文主要介绍其绘制的方法。本文参考了 Sob 老师《在 Multiwfn 中单独考察 pi 电子结构特征》(http://sobereva.com/432)一文。
Fedora Linux 安装 Gaussian 16 + GaussView 6
本文主要介绍如何在 Fedora Linux 安装 Gaussian 16 以及配套的 GaussView 6。参考了 Sob 老师的文章《Gaussian 的安装方法及运行时的相关问题》(http://sobereva.com/439)。
Fedora Linux + AICD 2.0 绘制磁感应电流图
本文主要参考 Sobereva 博客《使用 AICD 2.0 绘制磁感应电流图》(http://sobereva.com/294)、《使用AICD 程序研究电子离域性和磁感应电流密度》(http://sobereva.com/147)。