前言
众所周知，Gaussian 是计算化学领域最重要的量子化学计算程序。而大部分计算化学初学者对 Linux 系统不太了解甚至完全没有接触过，导致许多人都是使用的 Windows 版的 Gaussian 09，而国内大部分的 G09 都是 32 bit 的，这个版本的 Gaussian 完全不能用来算大体系，算算乙醇、水这种几个原子的小分子勉强还行。这是因为 32 bit 的 G09 对 CPU 和内存都有限制（内存最多使用 1400 MB，CPU 最多用 2 个核心），一旦超出了就会立马报错，更别提 Windwos 下的 Gaussian 完全不能发挥 CPU 的性能。因此学会在 Linux 下使用 Gaussian 是很有必要的。
在正式安装前，先介绍一下安装的环境。本次安装在 Fedora Linux 下进行，用户为自建用户 kimariyb，安装的 Gaussian 版本为 A03 AVX2 (64-bit Linux)。同时由于笔者使用的是 GUN 桌面化的 Linux 所以还安装了 Linux 版本的 GaussView 6.0.16 (64-bit Linux)。笔者不提供任何安装包，也不会回答任何有关安装包的问题，请自行寻找或购买。本文参考了 Sob 老师的文章《Gaussian 的安装方法及运行时的相关问题》。
安装步骤
首先在 /home/kimariyb 目录下新建一个 gaussian 文件夹，将解压好的 Gaussian 和 GaussView 分别至于 gaussian 文件夹的 g16 文件夹和 gv 文件夹下。由于 G16 A03 AVX2 Linux 的压缩格式一般为 tbz，可以使用 tar 命令解压。而 GV6 Linux 的压缩格式一般为 zip，可以使用 unzip 命令解压。
1 | tar -xjvf Gaussian16-A03-AVX2.tbz |
在 g16 文件夹下建立一个 scratch 文件夹用于储存 Gaussian 运行过程中产生的临时文件。
1 | cd /home/kimariyb/gaussian/g16 && mkdir scratch |
使用文本编辑器打开 /home/kimariyb/.bashrc，笔者这里使用的是 nano，也可以用 vim，只要你会就行。
1 | sudo nano ~/.bashrc |
在文件的末尾加入以下语句，然后保存文件。
1 | export g16root=/home/kimariyb/gaussian |
其中，
g16root环境变量用来说明 Gaussian 目录被放在了哪个目录下。GAUSS_SCRDIR环境变量用来说明哪个文件夹作为临时文件夹。GV_DIR环境变量用来说明 GaussView 目录被放在了哪个目录下。source命令用来执行 Gaussian 自带的脚本文件，其中包含了各种配置 Gaussian 运行环境的命令。
最后，source ~/.bashrc 一下让配置文件生效，并且切换到 /home/kimariyb/gaussian/g16/ 目录，运行 chmod 750 -R * 命令，之后 Gaussian 就可以使用了。这里 -R * 代表对当前目录下所有文件和所有子目录下的文件都设置权限。
除此之外，还可以在 g16 目录下配置一个 Default.Route 文件用来设定默认用的计算资源。-M- 设置默认用的最大内存量，-P- 设置默认用多少 CPU 核数来并行计算。比如在 /home/kimariyb/gaussian/g16 目录下 touch Default.Route，并在 Default.Route 中写入如下代码，就表示默认让 Gaussian 使用 10GB 8 核心来计算任务。
1 | -M- 10GB |
如何运行
Gaussian 在 Linux 下没有和 Windows 一样的图形界面，只能通过命令行的方式运行，下面是我最喜欢用的一种命令。
1 | g16 test.gjf |tee test.out |
想要在 Liunx 图像化界面运行 GaussView，同样也需要在命令行中运行。在 bash 终端中输入 gv 即可运行 GaussView。
笔者同时也在缓慢更新《Gaussian 16 中文文档》。